據全國人大法律委員會副主任委員安建介紹，目前注冊制改革相關準備工作仍在進行，具體改革舉措尚未出臺。據此，對現行證券法第二章“證券發行”的規定，暫不作修改，待實施注冊制改革授權決定的有關措施出臺后，根據實施情況，在下次審議時再對相關內容作統籌考慮。同時，為了做好修訂草案與注冊制改革授權決定的銜接，修訂草案二審稿增加規定，國務院應當按照全國人大常委會相關授權逐步推進股票發行制度改革。
針對證券市場違法違規行為的新特點，在認真總結2015年股市異常波動的經驗教訓基礎上，草案二審稿對相關規定作進一步修改完善，增加了證監會應當依法監測并防范、處置證券市場系統性風險的原則規定;進一步發揮證券交易所的一線自律管理職能;對涉嫌違法人員實施邊控等措施;加大對證券違法行為的處罰力度，完善處罰規則，提高罰款數額。
對于近年資本市場上的舉牌收購熱潮，草案二審稿強化持股達到百分之五的投資者的信息披露義務，進一步規范上市公司收購。要求投資者在持股變動公告中應當公告增持股份的資金來源以及在上市公司中擁有表決權的股份變動的時間及方式;對投資者違規增持的股份，明確在一定期限內不得行使表決權;將在上市公司收購中收購人持有的被收購的上市公司的股票，在收購行為完成后不得轉讓的期限，由“六個月”延長為“十八個月”。
同時，草案二審稿將現行證券法“證券交易”一章中的“持續信息披露”一節擴充為專章規定，并予以修改完善，擴大信息披露義務人的范圍，增加信息披露的內容，明確信息披露的方式;強化公司董事、監事、高級管理人員在信息披露中的責任;明確信息披露的一般原則要求，強調信息披露應當真實、準確、完整，簡明清晰，通俗易懂;應當同時披露、平等披露。在證券交易方面，擴大應予嚴格規范的內幕信息知情人的范圍，增加操縱市場的情形;增加禁止利用未公開信息進行證券交易的規定;進一步強化證券交易實名制的要求，禁止利用他人賬戶從事證券交易;增加對程序化交易的規范;規范上市公司停牌、復牌行為，防止上市公司濫用停牌、復牌損害投資者的合法權益。
草案二審稿還對投資者保護設專章，從規范現金分紅、投資者適當性管理、先行賠付制度等方面強化投資者保護。強調證券公司銷售證券、提供服務，應當與投資者的風險承受能力相匹配;規定征集投票權制度，增加中小股東在上市公司中的話語權;規范現金分紅，要求上市公司應當按照公司章程的規定分配現金股利;規定債券持有人會議和債券受托管理人制度，更好保護債券持有人合法權益。草案二審稿還規定先行賠付制度。發行人因欺詐發行、虛假陳述或者其他重大違法行為給投資者造成損失的，發行人的控股股東、實際控制人、相關的證券公司、證券服務機構可以委托國家設立的投資者保護機構，就賠償事宜與投資者達成協議，予以先行賠付。
此外，草案二審稿增加了關于多層次資本市場的原則規定，將證券交易場所劃分為證券交易所、國務院批準的其他全國性證券交易場所(新三板)和按照國務院規定設立的區域性股權市場三個層次;考慮到國務院批準的其他全國性證券交易場所、按照國務院規定設立的區域性股權交易市場目前的發展情況，在證券法中對其只作原則性規定，授權國務院制定具體管理辦法。
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